Соработката на Škoda со Volkswagen групацијата започна на 16ти Април 1991 година, и од тој момент наваму чешкиот производител прерасна во лидер на регионалниот пазар и интернационално успешен производител на возила.
Пред VW да го приграби брендот Škoda, во игра беа неколку други автомобилски производители од Западна Европа и прекуморските земји кои го искажуваа нивниот интерес за купување на Чешката компанија, оргинално основана во 1895. Конечната одлука ја имаше владата која одлучи во корист на Volkswagen, но Германската групација дури на 30ти Мај 2000-та година стана единствен сопственик на Škoda Auto. Помеѓу 1991 и денес се инвестирани повеќе од 11 билиони евра за истрашување и развој на нови модели и зголемување на производството, што доведе до вработување на вкупно 28,500 лица досега.
Првиот автомобил кој беше произведен под капата на VW беше Felicia – модел кој всушност беше преработена верзија од Favorit, што значи дека сеуште доаѓаше со платформа на Skoda, но имаше придобивки од уделот на VW со кој стана првата Skoda со дизел агрегат. Наскоро потоа, Škoda започна со производство на првата генерација на Octavia (1996), како и првата генерација на Fabia (1999). Сепак, Octavia имаше неверојатно долг животен век кој траеше од 1996 до 2004. По 2000та година дојде првата генерација на Superb, следена од втората генерација на Octavia (2004), Roomster (2006), втората генерација на Superb (2008) и Yeti (2009).
На денешен ден, Škoda e еден од фундаменталните столбови на Чешката економија, која придонесува за околу 4.5% од Чешкиот брут домашен производ и одбројува околу 8% од извозот на Чешка во 2015. Компанијата се очекува да расте уште повеќе откако наскоро ќе биде лансиран претстојниот нов SUV модел.
